公司不配合出具工伤申请材料时，员工需注意以下特殊情况对处理结果的影响：
1、用人单位未在30日内提交工伤认定申请（《工伤保险条例》规定时限），期间产生的工伤待遇费用由单位承担。例如，公司逾期未申请，员工1年内自行申请并被认定为工伤后，事故至认定期间的医疗费用、停工留薪期工资等原本由工伤保险基金支付的部分，将由公司承担。若公司拒不承担，员工需通过仲裁或诉讼追讨。
2、员工与公司存在事实劳动关系但未签书面合同。此时公司不配合的，员工需先通过劳动仲裁确认劳动关系，增加前置程序并延长处理时间。例如，公司否认劳动关系且拒不出具材料时，员工需先向仲裁委申请仲裁，凭裁决书等材料再申请工伤认定，整个流程可能耗时数月。
3、公司已注销或破产。若公司不配合且主体已消失，员工后续维权需向股东、清算组等主张权利，需通过更复杂法律程序确认责任主体及实现赔偿。
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公司不配合出具工伤申请材料时，员工可直接向当地社保行政部门提交工伤认定申请。
若公司拒绝提供劳动关系证明，员工可自行收集工资流水、工资条、工作证、考勤记录、同事证言等材料，证明事实劳动关系。
若公司不提供事故伤害相关材料，员工需自行准备医疗诊断证明或职业病诊断书，并在工伤认定申请表中详细填写事故时间、地点、原因及伤害程度等信息。
若公司阻挠申请，员工可向劳动监察部门投诉，或直接通过法律途径维权，务必在事故发生之日起1年内提交申请。
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针对公司不配合出具材料的情况，《工伤保险条例》第十七条为员工直接申请工伤认定提供了明确法律依据：
该条例第十七条规定：“职工发生事故伤害或被诊断为职业病，所在单位应自事故发生或被诊断之日起30日内，向统筹地区社保行政部门提出工伤认定申请。遇特殊情况经同意可适当延长时限。用人单位未按规定申请的，工伤职工或其近亲属、工会组织可在事故发生或被诊断之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社保行政部门提出申请。”
此条款明确赋予员工绕开公司，直接申请工伤认定的权利，确保即使公司不配合也能启动认定程序。
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公司不配合时，员工需警惕以下错误操作，以免影响工伤认定：
1、过度依赖公司，拖延申请：部分员工因认为需公司出面而一味等待协商，超过1年法定申请时限，最终无法申请。
2、证据收集不全面或不规范：仅提供单一口头证言（无书面记录），或收集与工作关联性弱的材料（如非工作时间转账记录），可能因证据不足被驳回。
3、忽视与社保部门沟通：提交材料后不跟进审核进度，对补正通知置之不理，或不配合调查核实，可能导致程序停滞。
建议员工遇到公司不配合时，及时咨询我为您提供解答，明确正确维权方法和步骤。

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