在指纹鉴定中，特殊情况或例外会影响处理，具体如下：
1、指纹样本不清晰或受损：如犯罪嫌疑人指纹模糊，或现场指纹因环境恶劣、时间过长等受损，鉴定机构难准确比对，结果可能不准确甚至无结论，影响嫌疑人认定及案件侦破审理。
2、指纹证据被销毁：刑事冤案申请鉴定时，若原指纹证据因各种原因被毁，无法提供样本鉴定，导致无法证明当事人清白，阻碍冤案平反。
3、原办案机关不予配合：刑事冤案申请鉴定中，若原办案机关不配合提供材料或证据，申请人难推进鉴定，影响案件重审及冤案平反。
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指纹鉴定的法律依据主要源于司法鉴定和刑事诉讼相关法律法规，如《中华人民共和国刑事诉讼法》及《司法鉴定程序通则》。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十二条明确：“审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序，收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法方法收集证据，不得强迫任何人证实自己有罪。必须保证一切与案件有关或者了解案情的公民，有客观地充分地提供证据的条件，除特殊情况外，可以吸收他们协助调查。”
指纹鉴定作为证据收集认定手段，其提取、样本收集、鉴定机构选择、鉴定报告出具等环节，均需严格遵循法定程序。例如犯罪嫌疑人指纹鉴定中，现场指纹提取须由法定侦查人员按程序进行，确保合法无污，这正是上述法律条文“依法收集证据”的体现。严格依法鉴定，结果才有效；否则可能因程序不合法影响证据效力。
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指纹鉴定存在法律风险点，具体如下：
1、提取或鉴定不合法影响证据效力：若犯罪嫌疑人指纹由非法定侦查人员提取，或提取未遵程序致污染，指纹证据可能因程序不合法被认定无效，无法作为定罪依据，影响案件公正处理。
2、错误认定致错误定罪：若鉴定机构资质不足或鉴定人员水平不够，比对犯罪嫌疑人与现场指纹时可能出错（如误将他人指纹认定为嫌疑人指纹），导致无辜者被错误定罪，侵犯合法权益。
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指纹鉴定流程因场景不同而有差异，以下为具体说明：
**刑事冤案申请指纹鉴定流程**：
- 申请人（当事人、法定代理人等）需准备刑事判决书、指纹证据、鉴定申请书等材料，确保指纹证据原始完整，说明鉴定理由。
- 若办案机关认为需鉴定，会委托专业机构依法鉴定，确保程序公正合法。

**犯罪嫌疑人指纹鉴定流程**：
- 现场提取指纹时，须由法定人员依法操作，确保过程合法、无污、记录完整规范。
- 收集清晰完整的犯罪嫌疑人指纹样本，由有资质的鉴定机构和人员比对认定，确认是否一致。

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