公司拖欠工资却已进行个税申报时，以下特殊情况或例外情形可能影响问题处理：
1、公司进入破产清算程序：若公司因经营不善进入破产清算，员工工资将作为破产债权清偿。员工需在规定时间内向破产管理人申报债权，工资清偿顺序优先于普通债权，但可能无法全额受偿，具体金额取决于破产财产状况。
2、员工与公司签订工资支付协议：若双方就拖欠工资的支付时间、方式等签订合法书面协议，应按协议履行。公司未按约定支付工资时，员工可依据协议直接起诉，无需先经劳动仲裁。
3、员工存在过错导致公司损失：若公司能证明员工因个人过错造成重大经济损失，且双方劳动合同约定可从工资中扣除赔偿费用，公司可在支付拖欠工资时扣除相应赔偿，但扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
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公司拖欠工资却已申报个税时，员工仍需依法追讨工资，个税申报不影响维权权利。
若公司仅申报个税而未实际支付工资，员工可通过法律途径要求支付拖欠工资。若公司已代扣个税但未缴纳至税务机关，员工需关注自身税务记录是否异常，避免因公司过错影响个人信用。
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公司拖欠工资但已申报个税的情形，法律依据主要来自《中华人民共和国个人所得税法》和《中华人民共和国劳动合同法》。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条，工资薪金所得属于个税应税范围，公司作为扣缴义务人需依法申报个税，这与是否实际支付工资是不同的法律义务。同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条明确用人单位应按合同约定和国家规定及时足额支付劳动报酬。因此，公司即使申报了个税，只要未实际支付工资，就违反了《劳动合同法》义务，员工有权要求支付拖欠工资。
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公司拖欠工资却已申报个税时，员工处理过程中易出现以下常见错误操作：
1、忽视个税申报与工资支付的区别：部分员工误认为公司申报个税即意味着工资正常发放，从而拖延维权，导致超过劳动仲裁时效，错失维权机会。
2、自行停止工作或旷工抗议：部分员工以停职、旷工方式抗议欠薪，此类行为可能违反公司规章制度，反被公司以违纪为由处罚，不利于维权。
遇到公司拖欠工资且已申报个税的情况，建议避免上述错误操作，及时采取正确维权方式。如有需要，可咨询我为您提供具体应对策略。

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